En cas d'infection congénitale à cytomégalovirus, la nature des lésions fœtales dépend de la période d'infection. Une infection aiguë à cytomégalovirus chez la mère au cours des 20 premières semaines de grossesse peut entraîner une pathologie fœtale grave, pouvant entraîner une fausse couche spontanée, une mort fœtale in utero, une mortinatalité et des malformations, le plus souvent incompatibles avec la vie. En cas d'infection à cytomégalovirus en fin de grossesse, le pronostic vital et le développement normal de l'enfant sont plus favorables.