Les symptômes de malabsorption de la vitamine B12 se développent dès les premiers mois de vie de l'enfant. On observe une faiblesse, une pâleur, un retard de développement physique et une diarrhée. Des troubles neurologiques apparaissent 6 à 30 mois après l'apparition des premiers symptômes: retard mental, neuropathie, myélopathie.