Le plus souvent, la colite pseudomembraneuse se développe sous l'effet d'une utilisation prolongée d'antibiotiques: ampicilline, lincomycine, clindamycine, céphalosporines, et plus rarement de pénicilline, érythromycine, chloramphénicol et tétracycline. Clostridium difficile est un bacille anaérobie sporulé à Gram positif, capable de produire deux types d'exotoxines: la toxine A et la toxine B. Il existe quatre principales causes de colite pseudomembraneuse associée à C. difficile.