Dans certains cas, plus souvent chez la femme, la pyélonéphrite aiguë débute par une cystite aiguë (mictions fréquentes et douloureuses, douleurs vésicales, hématurie terminale). Autres symptômes de la myélonéphrite aiguë: fatigue générale, faiblesse, douleurs musculaires et maux de tête, perte d'appétit, nausées, vomissements.